Đến thăm Viện, bạn sẽ được tận mắt xem bảo tàng sinh vật biển với trên 20.000 mẫu vật của hơn 4.000 loại sinh vật biển và nước ngọt đã được sưu tầm, gìn giữ từ nhiều năm, bên cạnh là những mẫu vật sống được nuôi thả trong những bể kính.Bộ mẫu sinh vật biển bao gồm các loài hiện hữu ở biển Việt Nam, Campuchia và các vùng nước lân cận, trong đó có các loài thú biển quý hiếm đang có nguy cơ tuyệt chủng như Bò biển (Dugong).
Am Chúa là một di tích lịch sử văn hoá lâu đời của xứ Trầm Hương, gắn liền với tục thờ Thánh Mẫu Thiên Y A Na. Cùng với truyền thuyết về Thiên Y Thánh Mẫu, di tích Am Chúa đã thể hiện rõ nét sự giao lưu văn hoá Việt - Chăm. Am Chúa nằm trên lưng chừng núi Đại An (còn gọi là núi Dưa), thuộc thôn Đại Điền Trung, xã Diên Điền, huyện Diên Khánh. Am Chúa là nơi thờ Thánh Mẫu Thiên Y A Na - Bà Mẹ xứ sở đã khai sáng và truyền dạy cho dân chúng cách làm ăn, sinh sống.
Suối Hoa Lan là một dòng suối nằm ở đảo Hòn Hèo, Vịnh Nha Phu, thuộc xã Ninh Phú, thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa, Việt Nam. Cách Nha Trang chưa đầy 18km về phía Bắc. Suối Hoa Lan là một khu du lịch sinh thái lý tưởng thu hút rất nhiều khách du lịch đến đây tham quan cảnh đẹp biển trời, non nước, được híc thở bầu không khí trong lành của rừng cây, tắm thác với làng nước trong veo mát lạnh và vui chơi giải trí.
Ðầm Nha Phu là tên gọi cả một khu vực rộng lớn, trong đó có những hòn đảo du lịch như Hòn Thị, Hòn Lao, Hòn Sầm, Hòn Đá Bạc (bãi tắm Công chúa), Hòn Lao - đảo Khỉ, Suối Hoa Lan, Khu nghỉ mát Ninh Vân. Đầm Nha Phu rộng gần 1.500ha, tiếp giáp giữa vịnh Nha Trang và vịnh Vân Phong – thuộc tỉnh Khánh Hòa, cách thành phố khỏang 15 km. Hiện bến cảng du lịch nằm ở địa phận Lương Sơn, xã Vĩnh Lương. Đầm Nha Phu là một trong hai đầm lớn của tỉnh Khánh Hòa vẫn còn hội đủ đặc điểm của một vùng sinh thái quý hiếm với núi rừng, sông suối, biển đảo.
Đầm Nha Phu là một trong những nơi hội tụ của rất nhiều địa hình: đảo,suối, biển, hồ, núi, và cả vịnh, v.vv..v..Đầm Nha Phu có những đoạn sóng lặng, nhưng cũng có những chỗ có sóng nhẹ, phù hợp các chương trình tham quan du lịch. Cảnh quan hoang sơ, dân cư thưa thớt, những bãi cát trắng tinh khiết trải dài hàng cây số hay đa dạng với các loại địa hình khác. Ngoài ra, Đầm Nha Phu còn đa dạng về hệ động thực vật Theo kết quả điều tra của Viện Hải dương học Nha Trang (Khánh Hòa), đầm Nha Phu hiện có 232 loài thực vật phù du được ghi nhận. Trong đó, có 150 loài tảo Silic, chiếm 65%; tảo Hai Roi với loài, chiếm 32%… Đầm Nha Phu còn là nơi phát triển nghề nuôi trồng thủy hải sản.
Hòn Mun là một trong những hòn đảo thơ mộng nhất trong hệ thống đảo của Nha Trang. Hòn Mun cách cảng Cầu Đá 10 km (khoảng 45 phút đi tàu). Không chỉ hấp dẫn bởi cát trắng, biển xanh, những tổ yến hoang sơ trên cheo leo vách đá… nơi đây còn nổi tiếng là một trong những "thủy cung" "giàu và đẹp" nhất của biển Đông Nam Á. Nơi đây còn nổi tiếng có nhiều dịch vụ biển và khám phá biển bằng tàu đáy kính và dịch vụ lặn biển.
Hòn Một phủ xanh cây cỏ, được mệnh danh là làng quê xinh tươi giữa muôn trùng sóng nước, nằm về hướng Đông Nam của thành phố Nha Trang, cách bờ chừng 9km, và là đảo nhỏ nhất trong vịnh Nha Trang, diện tích dưới 1km².
Dân cư ở Hòn Một cũng chỉ khoảng 200 người, hình thành một khu làng nhỏ, sinh sống chủ yếu bằng nghề trồng trọt và đánh bắt hải sản. Phụ nữ và người lớn tuổi thường đảm đang công việc chăm sóc các vườn cây ăn quả như xoài, dừa, điều... Thanh niên trai tráng thì đi đánh bắt xa bờ hoặc nuôi hải sản trên các nhà lồng bè quanh rìa đảo, đặc biệt là nghề nuôi tôm hùm cũng khá phát triển.
Hòn Một sở hữu các bãi tắm nhỏ xinh, bờ cát trắng, nước trong nhìn rõ đáy, nằm chen giữa các khối đá muôn hình, tạo nên khung cảnh sơn thủy hữu tình, lý tưởng cho du khách thỏa thích đắm mình trong làn nước mát.
Hòn Một cũng có nhiều rạn san hô bao quanh đảo và nằm gần bờ, là nơi trú ngụ của nhiều loài nhiều sinh vật biển đầy màu sắc. Với những du khách không giỏi bơi lội thì vẫn dễ dàng lặn biển ngắm san hô tại đây, chỉ cần mắt kính và ống thở.
Khu du lịch Bãi Tranh nằm trên hòn đảo Trí Nguyên thuộc Vịnh Nha Trang, có chiều dài bờ biển 500m, được bao bọc trên triền núi hung vĩ mang sắc thái hoang dã ; Nơi đây là một trong những điểm nổi bật của Vịnh Nha Trang, về thiên nhiên, thân thiện gần gũi với con người – một điểm đến thú vị cùng những trò chơi độc đáo, hấp dẫn trên bờ biển. Du khách đến khu du lịch Bãi Tranh sẽ tận hưởng cảm giác thoải mái, thú vị khi đi dạo trên bờ biển và trên triền núi khiến du khách cảm thấy giống như chìm vào trong không gian hoang sơ theo phong cách Việt của miền Duyên Hải.
Thủy Cung Trí Nguyên nằm trên đảo Hòn Miễu thuộc vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa, Việt Nam. Từ đất liền ra Hòn Miễu khoảng 20 phút đi tàu. Trên đảo có 2 địa điểm du lịch nổi tiếng đó là Thủy Cung Trí Nguyễn và bãi tắm biển Bãi Sỏi.
Nằm về hướng Nam, cách cảng biển Nha Trang khoảng 2km, khu du lịch Thủy cung Trí Nguyên tọa lạc trên đảo Trí Nguyên. Đến đây, bạn sẽ được khám phá đáy đại dương với hệ động thực vật vô cùng phong phú, đa dạng như: cá mập, san hô, rùa biển, cá ngựa, hải quỳ… của thủy cung. Hơn thế, bạn còn được tham quan các tuyến đảo, cắm trại, câu cá… và ghé thăm làng chài Nha Trang.